Главниот штаб претставува оперативно стручно тело при Центарот за управување со кризи, кое раководи со активностите за превенција и справување со кризни ситуации. Главниот штаб е составен од претставници на министерствата за: внатрешни работи, здравство, транспорт и врски, одбрана и надворешни работи. Негови членови се и раководителот на Итната медицинска помош во Скопје, директорот на Дирекцијата за заштита и спасување, како и претставници на Армијата, Агенцијата за разузнавање, Дирекцијата за безбедност на класифицирани информации и Црвениот крст на Република Македонија. 

      Директорот на Центарот за управување со кризи раководи со Главниот штаб. 

      Во Регионалните центри за управување со кризи се формираат регионални штабови, како оперативни стручни тела со коишто раководи лице назначено од директорот на Центарот. Регионалните центри се составени од претставници на споменатите министерства и други органи на државна управа, а и по еден претставник на општините и на градот Скопје.