Shtabi kryesorë është trup operativo-profesional pranë Qendrës për Menaxhim me Kriza, i cili menaxhon aktivitetet për preventivë dhe menaxhimin me situatat e krizës.Shtabi është i përbërë nga përfaqësues të ministrive: Të punëve të Brendshme, Shëndetësisë, Transportit dhe lidhjes, Mbrojtjes dhe Punëve të Jashtme. Anëtarët e saj janë edhe udhëheqësit e kujdesit emergjent në Shkup, drejtori i Drejtorisë për Mbrojtje dhe Shpëtim, si dhe përfaqësuesit e Armatës dhe Agjencionit për Zbulim, Drejtoria për Sigurinë e informacioneve sekrete dhe Kryqi i Kuq i Republikës së Maqedonisë. Drejtor i Qendrës për Menaxhim me Kriza menaxhon me Shtabin kryesorë.
Në qendrat rajonale për menaxhim me kriza janë formuar shtabe rajonale, si trupa operativo-profesional, me të cilin udhëheq personi i cili është emëruar nga drejtori e qendrës. Qendrat rajonale janë të përbërë nga përfaqësues të ministrive të përmendura dhe organeve të tjera të administratës shtetërore, si edhe nga një përfaqësues të komunave dhe të Qytetit të Shkupit.